Na przełomie plejstocenu i holocenu, przez ocieplenie klimatu, poziom wód w oceanie znacznie wzrósł, tworząc cieśniny w miejscu bliskim tych dzisiejszych oraz przekształcając basen w słonawowodne Morze Yoldiowe, które jednak nie przetrwało długo. Ruchy izostatyczne wynoszące Skandynawię ku górze, odcięły wymianę wód – zbiornik na nowo stał się jeziorem, którego nazwa Ancylusowe pochodzi od słodkowodnych ślimaków ancylusów, odnalezionych w osadach sprzed około 10 tys. lat temu. Morze, które znamy dzisiaj jest rekordowo słodkie, ponieważ dopiero 9 tys. lat temu nawiązało stałą wymianę wód poprzez Cieśniny Duńskie. Początkowe stadium nazywa się Morzem Yoldiowym. Od tego czasu cieśniny tracą swoją głębokość, podnosząc się nieznacznie lecz stale, wraz ze Skandynawią. Na niskie zasolenie wpływa także duża ilość rzek kończących swój bieg w Bałtyku, a także położenie w wysokich szerokościach geograficznych co skutkuje małym parowaniem.